Au sein de la direction de la transition écologique, le service espaces naturels et biodiversité de la Ville de Marseille est chargé de la gestion des plusieurs milliers d'hectares d'espaces naturels en propriété communale, tant en periphérie (massifs de l'Etoile, des Calanques, de la Nerthe) qu'en pleine ville (Friches urbaines Naturelles - FUN). Le service est également chargé de la stratégie locale partenariale en faveur de la biodiversité terrestre et marine de Marseille. Dans ce cadre, de nombreuses actions transversales voient le jour, et notamment le partenariat avec Aix Marseille Université pour relever à Marseille pour la première fois en 2024 le city nature challenge.