Le CEN Occitanie a pour objectifs la connaissance, la conservation et la mise en valeur du patrimoine naturel de l'Occitanie. Il s’emploie à développer la concertation entre tous les partenaires pour assurer la préservation, la connaissance, la gestion ou la réhabilitation des espaces naturels et la promotion de leurs valeurs culturelles et économiques.

Pour réaliser ces objectifs, le CEN contribue à la connaissance des espaces naturels et des espèces présents dans la région, en réalisant des inventaires et des expertises. Il met en œuvre une politique de protection des espaces naturels remarquables en s’assurant la maîtrise foncière ou d’usage (achat, location, don ou legs, convention de gestion) ou en suscitant la mise en place de mesures réglementaires de protection sur les sites retenus. Le CEN contribue à la gestion de sites, notamment par l’établissement de plans de gestion, et effectue tous travaux jugés nécessaires à la restauration ou au maintien des richesses biologiques et des équilibres des écosystèmes et il s’emploie à l’information et à la sensibilisation de tous publics au moyen de conférences, expositions, publications, encadrement de stagiaires...