Créée en 1981, la réserve naturelle se situe sur la Garonne, au niveau des communes d'Agen et du Passage d'Agen. Elle ne comprend que le lit mineur du fleuve, s'étend sur environ 2 kilomètres et couvre une superficie de 48 hectares. Ainsi, elle permet de protéger un des derniers sites de reproduction de la grande Alose, poisson migrateur amphihalin, aujourd'hui en danger critique d'extinction.

Depuis 1986, sa gestion a été confiée par le Préfet du Lot-et-Garonne, à l’association pour la gestion de la Réserve Naturelle de la Frayère d’Alose.

Les missions de l’association sont : la gestion scientifique de la réserve naturelle, sa protection, sa surveillance, sa mise en valeur, et la sensibilisation du public à la grande Alose et aux réserves naturelles de France.