Cette réserve naturelle de 618 ha est gérée par le Syndicat Intercommunal d’Aménagement et de Gestion, regroupant les communes de Léon, Moliets et Maâ et Vieille-Saint-Girons.

Le Syndicat Intercommunal d'Aménagement et de Gestion de la Réserve Naturelle du Courant d'Huchet est chargé d’une manière générale de la gestion de la réserve et notamment :

• d’assurer la surveillance et de faire respecter la réglementation. Deux agents de la réserve sont commissionnés par le Ministre de l'Environnement et assermentés par le Procureur de la République pour exercer une mission de police de la nature ;
• de réaliser le suivi scientifique et l'évaluation du patrimoine naturel ;
• d’assurer la conception et la mise en œuvre du plan de gestion en réalisant les actions de gestion écologique nécessaires au maintien ou à la restauration de ce patrimoine ;
• d’informer, d’accueillir et de sensibiliser divers publics (scolaires, étudiants, grand public).