Le Parc naturel régional du Haut-Jura se situe en zone de moyenne altitude, frontalier avec la Suisse et à cheval sur les 2 régions de Bourgogne Franche-Comté et Auvergne Rhône Alpes. La géomorphie du Parc est caractéristique du Jura plissé qui conditionne ses paysages marqués par le forêt, les milieux humides, rivières et une mosaïque de milieux ouverts tels que les prairies, pelouses sèches ou pré-bois.