La communauté d'agglomération du Grand Dole agit en faveur de la protection et de la mise en valeur de l'environnement et du cadre de vie sur son territoire.

Le Grand Dole a choisi de prendre l’animation de deux sites Natura 2000 en partie sur son territoire, il s’agit du massif de la Serre (FR4301318) et de la forêt de Chaux (FR4301317 et FR4312005). Ces deux sites bénéficient déjà d’un document d’objectif et sont donc actuellement dans une phase d’animation.