Bordée par la Marne et le canal, Vaires-sur-Marne est considérée comme une ville d’eau. Elle dispose d’atouts naturels considérables et d’un véritable patrimoine végétal naturel à préserver, doté de sites exceptionnels où la biodiversité s’exprime pleinement.
Un site Natura 2000 a été défini sur la commune au titre de la « directive Habitats : le « Bois de Vaires-sur-Marne », d'une superficie de 96,63 ha, situé en grande partie dans le secteur aval du bassin versant du ruisseau du Gué de l’Aulnay à proximité de sa confluence avec la Marne et constituant une importante zone humide localisée dans un contexte péri-urbain
